В Кыргызстане 20 организаций и движений признаны террористическими либо экстремистскими. Подробный список с описанием организаций опубликован на сайте Государственной комиссии по делам религий.
Судами разных инстанций Кыргызстана запрещены на территории республики деятельность следующих деструктивных, экстремистских и террористических организаций:
- «Аль-Каида» – решением Первомайского суда Бишкека от 15 сентября 2006 года признана террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Движение Талибан» – решением Первомайского суда Бишкека от 15 сентября 2006 года признана террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Исламское движение Восточного Туркестана» – постановлением Верховного суда от 20 августа 2003 года признана террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Курдский народный конгресс» («Конгра-Гель») – решением Первомайского суда Бишкека от 11 июня 2008 года признана террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Организация освобождения Восточного Туркестана» – постановлением Верховного суда от 20 августа 2003 года признана террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Хизбут-Тахрир-аль-Ислами» – постановлением Верховного суда от 20 августа 2003 года признана экстремисткой организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Группа джихада» («Союз Исламского джихада») – решением Первомайского суда Бишкека от 11 июня 2008 года признан террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена;
- «Исламская партия Туркестана» («Исламское движение
Узбекистана») – постановлением Верховного суда от 20 августа 2003 года признано террористической организацией, деятельность на территории КР запрещена; - «Церковь объединения» (церковь Муна) – решением Свердловского районного суда Бишкека от 22 февраля 2012 года запрещена деятельность на территории КР;
- «Жайшуль Махди» – решением Первомайского районного суда Бишкека от 24 октября 2012 года запрещена деятельность на территории КР;
- «Джундь-аль Халифат» («Джунд-аль Халифат») – решением Первомайского районного суда Бишкека от 24 октября 2012 года запрещена деятельность на территории КР;
- «Ансаруллох» (Ансарул Аллах) – решением Первомайского районного суда Бишкека от 24 октября 2012 года запрещена деятельность на территории КР;
- «Ат-Такфир Валь-Хиджра» («Ат-Такфир ва-л-Хиджра») – решением Первомайского районного суда Бишкека от 24 октября 2012 года запрещена деятельность на территории КР;
- «Акромия» – 14 марта 2014 года Первомайский суд Бишкека признал религиозное движение «Акромия» экстремистской организацией и запретил на территории КР;
- 14 марта 2014 года Октябрьским судом Бишкека признаны экстремистскими, агитационно-пропагандистские материалы и пропагандистская деятельность Тихомирова А.А. – Саида Бурятского;
- 1 13 февраля 2015 года Октябрьским судом Бишкека ИГИЛ признана террористической и экстремистской организацией, ее деятельность на территории страны запрещена;
- 1 Решением Октябрьского районного суда Бишкека от 23 июня 2015 года религиозная организация «Джабхат ан-Нусра» признана террористической и экстремистской, ее деятельность на территории Кыргызстана запрещена;
- 13 мая 2015 года решением Ошского городского суда организация «Катибат аль-Имам аль-Бухари» (Батальон Имама Бухари») признана террористской и экстремисткой организацией и ее деятельность запрещена на территории КР;
- 13 мая 2015 года решением Ошского городского суда организация «Жаннат Ошиклари» («Поклонники рая») признана террористской и экстремисткой организацией и ее деятельность запрещена на территории КР;
- Решением Ошского городского суда от 17 марта 2016 года подразделение «Джамаат ат-Таухид валь-Джихад» признано террористической организацией и ее деятельность запрещена на территории КР.