Эмилбека Каптагаева назначили полномочным представителем правительства в Иссык-Кульской области. Об этом сообщили в отделе информационного обеспечения Аппарата правительства.
С 7 апреля 2010 года Каптагаев руководил Аппаратом Временного правительства КР.