На приозерную равнину крупнейшего озера Кыргызстана Иссык-Куль втекают 101 река и ручей. Непосредственно в озеро впадает 56 рек и ручьев. Так, с 1929 по 1998 годы уровень снизился на 3,6 м, затем до 2011 года повысился на 1,1 м. Об этом говорится Национальная водной стратегии Кыргызской Республики до 2040 года.
Изменение уровня озера Иссык-Куль обусловлено изменением приточности всех рек. В период 1942–1972 годы приточность всех рек составляла 118 м3/с, а в период 1973–2008 годы – 128 м3/с. Увеличение притока в озеро Иссык-Куль в последний период на 8,5 % можно отнести за счет увеличения ледникового стока. С 2011 года по 2021 год произошло снижение уровня озера на 0,95 м, что обусловлено как климатическими, так и антропогенными факторами. Так, в течение всего года только 30 рек питают озеро в связи с забором воды на орошение.
Прогнозируется, что площадь озера Иссык-Куль уменьшится на 232–1049 кв.км, а уровень снизится на 5,1–27,5 м по отношению к 2000 году в зависимости от принятых климатических сценариев, а озеро Чатыр-Куль превратится в ежегодно пересыхающий небольшой водоем.
Анализ изменения атмосферных осадков, температуры воздуха показывает значительность уже наблюдаемых климатических изменений на территории Кыргызстана. В 70-ые годы на территории республики насчитывалось 8 164 ледника общей площадью 7 944,2 км2, в том числе: 6 719 ледников размером более 0,1 км2, общей площадью 7 866,6 км 2 и 1 445 ледников размером менее 0,1 км2, общей площадью 77,6 км2 18.
По данным Центрально-Азиатского института прикладных исследований Земли за 70-летний период общая площадь оледенения сократилась на 16 %, площадь крупных ледников – на 17 %, в то время как площадь небольших ледников увеличилась в два с половиной раза.
Общее количество ледников увеличилось на 22 %, что связано с общей деградацией оледенения, приводящей к сокращению количества крупных ледников и их распаду на отдельные части (менее 0,1 км2). К 2100 году могут сохраниться ледники лишь в наиболее высокорасположенных районах.
Как следствие, к 2100 году речной сток существенно снизится – до 30–43 % в бассейне реки Карадарья, в южной части Ферганской долины – до 27–48 %, в бассейне реки Амударья – 28–56 % стока 2000
года.
Ожидаемое изменение внутригодового режима рек: прохождение волны половодья в более ранние сроки, более раннее наступление и длительный период межени.
По данным Службы водных ресурсов при Министерстве сельского хозяйства Кыргызстана водные ресурсы, формируемые на территории Кыргызской Республики, используются на 20–25 %, остальной сток поступает на территорию соседних государств: Казахстан, Китай, Таджикистан и Узбекистан.
Хозяйственно-питьевое водоснабжение составляет 3 % от общего объема водозабора. Основной объем водных ресурсов – порядка 93 % используется на орошение сельскохозяйственных культур. Водопотребление в производственных целях не превышает 4 %, наиболее высокий уровень отмечается в городе Бишкек.
Степень использования запасов месторождений подземных вод не превышает 23–43 %.
Основной объем пресных подземных вод используется для питьевых и хозяйственно-бытовых нужд населения – 58 %, орошения земель – 24 %, производственно-технического водоснабжения промышленных объектов – 17 %.
Для целей промышленного розлива питьевой воды используется не более 1 % общего водоотбора.